Hầu hết các thiết lập của Europa Universalis III đều nằm trong các tập tin văn bản đơn giản có thể dễ dàng thay đổi để chỉnh sửa bản đồ, các sự kiện lịch sử v.v... Một số bản mod phổ biển đã thay đổi trò chơi một cách rộng rãi, thêm hương vị lịch sử, kịch bản hư cấu hoặc những cơ chế game mới.

Magna Mundi

Một bản mod dành cho Europa Universalis III là Magna Mundi nhằm mục đích để thêm chi tiết vào bản đồ của trò chơi và hướng quá trình lịch sử thay thế mà game mô tả nhiều hơn đối với lịch sử thế giới thực bằng các sự kiện kịch bản. Một phiên bản độc lập của Magna Mundi được dự tính như một bản spinoff được phát triển bởi các tác giả của bản mod, hoạt động như một studio phát triển Universo Virtual và được Paradox phát hành. Vào tháng 6 năm 2013, Magna Mundi đã bị Paradox hủy bỏ với câu trích dẫn "thiếu tiến bộ" trong dự án như là lý do cho quyết định này.[11] Universo Virtual tuyên bố rằng có một trò chơi đã sẵn sàng cho việc phát hành, công bố hành động pháp lý chống lại Paradox.[11] Nhà lãnh đạo của hãng này tiếp tục đòi quyền sở hữu Clausewitz engine dưới tên Europa Universalis bởi vì giấy phép để phát triển hơn nữa bản mod Magna Mundi đã không đề cập cụ thể đến Universo Virtual như không sở hữu nó và tiến hành mã nguồn mở một trò chơi mà ông gọi là World Stage.